#! /bin/bash

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## Name of this file. fn must be in the same name as this file, without the .ii.txt suffix.
fn=lammps_5May15
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## A. Initialisation
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dir=$HOME/ii
export dir=$dir

## mkdir ##
if [ ! -d $dir ];then
mkdir $dir
else
echo $dir existed. Not making one.
fi
if [ ! -d $dir/script ];then
mkdir $dir/script
else
echo $dir/script existed. Not making one.
fi
if [ ! -d $dir/include ];then
mkdir $dir/include
else
echo $dir/include existed. Not making one.
fi
if [ ! -d $dir/lib ];then
mkdir $dir/lib
else
echo $dir/lib existed. Not making one.
fi
if [ ! -d $dir/configrepo ];then
mkdir $dir/configrepo
else
echo $dir/configrepo existed. Not making one.
fi
echo ' '
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## End of A. Initialisation
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## B. Check system prerequisites
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declare -a ps=(make gcc g++ gfortran)

rm -rf $dir/script/$fn.log
for i in ${ps[@]}; do
	str=$(which $i)
	if [ ! "$str" ];then
		echo $i NOT found. Please install $i manually as root or sudo, then retry running this script. >> $dir/script/$fn.log
	else 
		echo $i found. >> $dir/script/$fn.log
	fi
done

if grep -q 'NOT' "$dir/script/$fn.log";
then
	echo 'System prerequisites NOT met. To abort.' >> $dir/script/$fn.log
	cat $dir/script/$fn.log
	exit
else
    echo 'System prerequisites met. To continue.' >> $dir/script/$fn.log
#	cat $dir/script/$fn.log
fi
echo ' '
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## End of B. Check system prerequisites
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## C. Check and install prerequisite libraries if not existed
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rm -rf $dir/script/$fn.lib

## 1. openmpi-1.8.5
checklib=$dir/openmpi-1.8.5/lib/libmpi.so.1.6.0
echo $checklib >> $dir/script/$fn.lib
if [ -f $checklib ];then
	echo $checklib found. Not to install them.
else
	echo $checklib NOT found. To install them.
	cd $dir/configrepo
	rm -rf openmpi-1.8.5.tar.gz
	wget http://www2.fizik.usm.my/configrepo/howto/openmpi/openmpi-1.8.5.tar.gz
	tar -zxvf openmpi-1.8.5.tar.gz
	cd openmpi-1.8.5
	./configure --prefix=$dir/openmpi-1.8.5 --disable-dlopen
	make 
	make install 
fi

## 2. fftw-3.3.4
checklib=$dir/fftw-3.3.4/lib/libfftw3f.a
echo $checklib >> $dir/script/$fn.lib
if [ -f $checklib ];then
	echo $checklib found. Not to install them.
else
	echo c$hecklib NOT found. To install them.
	cd $dir/configrepo
	rm -rf fftw-3.3.4.tar.gz
	wget http://www2.fizik.usm.my/configrepo/howto/fftw/fftw-3.3.4.tar.gz
	tar -zxvf fftw-3.3.4.tar.gz
	cd fftw-3.3.4
	./configure --prefix=/home/$USER/ii/fftw-3.3.4 --with-g77-wrappers --enable-mpi --enable-threads --enable-openmp CXX="/home/$USER/ii/openmpi-1.8.5/bin/mpicxx" CC="/home/$USER/ii/openmpi-1.8.5/bin/mpicc" CPP="/home/$USER/ii/openmpi-1.8.5/bin/mpic++ -E" CXXCPP="/home/$USER/ii/openmpi-1.8.5/bin/mpicxx -E" FC='gfortran' F77=gfortran FFLAGS="-I/$USER/ii/openmpi-1.8.5/include" LDFLAGS="-L/$USER/ii/openmpi-1.8.5/lib" CPPFLAGS="-I/$USER/ii/openmpi-1.8.5/includ"e --enable-shared --enable-float
	make -j 4
	make install
	make check  # optional 
	#make installcheck # optional 
fi

## 3. blas-3.7.0
checklib=$dir/lib/libblas.a
echo $checklib >> $dir/script/$fn.lib
if [ -f $checklib ];then
	echo $checklib found. Not to install them.
else
	echo $checklib NOT found. To install them.
	cd $dir/configrepo
	rm -rf blas-3.7.0.tgz
	wget http://www.netlib.org/blas/blas-3.7.0.tgz
	tar -xzvf blas-3.7.0.tgz
	cd BLAS-3.7.0
	gfortran -c -O3 *.f  
	ar rv libblas.a *.o
	cp $dir/configrepo/BLAS-3.7.0/libblas.a $dir/lib/
fi

## 4. lapack-3.7.0
checklib=$dir/lib/liblapack.a
echo $checklib >> $dir/script/$fn.lib
if [ -f $checklib ];then
	echo $checklib found. Not to install them.
else
	echo $checklib NOT found. To install them.

	cd $dir/configrepo
	rm -rf lapack-3.7.0.tgz
	wget http://comsics.usm.my/tlyoon/configrepo/howto/customise_centos/BLAS_and_LAPACK/lapack-3.7.0.tgz 
	tar -xzvf lapack-3.7.0.tgz
	cd lapack-3.7.0
	which g77 || sed -i -e 's/g77/gfortran/' make.inc 
	ulimit -s unlimited
	make tmglib blaslib cblaslib lapack_install lapacklib -j 4 
	#make lapack_testing  ## optional
	## cd TESTING; make  ### execute this line if want to perform testing on the lapack library installed.
	cp $dir/configrepo/lapack-3.7.0/*.a $dir/lib/
fi

## 5. python-2.7.2
checklib=$dir/python-2.7.2/lib/libpython2.7.a
echo $checklib >> $dir/script/$fn.lib
if [ -f $checklib ];then
	echo $checklib found. Not to install them.
else
	echo $checklib NOT found. To install them.
	cd $dir/configrepo
	rm -rf Python-2.7.2.tgz
	wget http://www.python.org/ftp/python/2.7.2/Python-2.7.2.tgz
	tar zxfv Python-2.7.2.tgz
	find $dir/configrepo -type d | xargs chmod 0755
	cd Python-2.7.2
	./configure --prefix=$dir/python-2.7.2
	make
	make install
fi
echo ' '
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## End of C. Check and install prerequisite libraries if not existed
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#### D. Check whether installation of prerequisite libraries is successfull ##########
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##echo $dir/ii/lib/gnuplot.a >> $dir/script/$fn.lib  ## for trouble shooting

for i in $(cat $dir/script/$fn.lib)
do
if [ -f $i ]; then
	echo $i found >> $dir/script/$fn.log
	else
	echo $i NOT found >> $dir/script/$fn.log
fi
done
echo ' '
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## End of D. Check and install prerequisite libraries if not existed
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## E. Install $fn
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if grep -q 'NOT' "$dir/script/$fn.log";
then
	echo 'NOT all prerequisite libraries are found for' $fn. To abort installation. >> $dir/script/$fn.log
	cat $dir/script/$fn.log
	exit
else
	echo 'All prerequisite libraries are found for' $fn. To continue installation. >> $dir/script/$fn.log
	cat $dir/script/$fn.log
#****************** begin installation of fn ****************************************************************************
	## Install lammps (version xxx)
	## Mandatory requirements:
	## $dir/openmpi-1.8.5
	## $dir/fftw-3.3.4
	## -L/$dir/lib/ -llapack -lblas
	## $dir/python-2.7.2
	
	export PATH=$dir/python-2.7.2/bin:$PATH
	
	cd $dir/
#	rm -rf lammps_5May15.tgz
#	wget http://comsics.usm.my/tlyoon/configrepo/howto/customise_centos/lammps/lammps_5May15.tgz
	tar -zxvf lammps_5May15.tgz
	mv lammps_5May15.tgz configrepo
	cd lammps_5May15
	mylammpsdir=$(echo $PWD)
	
	# atc #
	cd $mylammpsdir/lib
	cd atc
	rm -f *.a *.o
	make -f Makefile.mpic++
	
	# awpmd #
	cd $mylammpsdir/lib/awpmd
	make -f Makefile.mpicc
	
	# linalg #
	cd $mylammpsdir/lib/linalg
	rm -f *.a *.o
	make -f Makefile.gfortran

	# gpu ## Make only if NVIDIA CUDA is available on the machine 
	cd $mylammpsdir/lib
	if [ -d "$mylammpsdir/lib/gpu" ];then
		cd gpu
		echo 'I am in gpu/'
		str=$(which nvcc)
		if [ ! "$str" ];then
			echo 'make no gpu'
			echo str= $str
		else
			echo 'make gpu'
			rm -f *.a *.o
			make -f Makefile.linux.double
		fi
	fi

	# cuda ## Make only if NVIDIA CUDA is available on the machine 
	cd $mylammpsdir/lib
	if [ -d "$mylammpsdir/lib/cuda" ];then
		cd gpu
		echo 'I am in cuda/'
		str=$(which nvcc)
		if [ ! "$str" ];then
			echo 'make no cuda'
			echo str= $str
		else
			echo 'make cuda'
			rm -f *.a *.o
			make 
		fi
	fi

	# meam #
	cd $mylammpsdir/lib
	cd meam
	rm -f *.a *.o
	make -f Makefile.gfortran

	# poems #
	cd $mylammpsdir/lib
	cd poems
	rm -f *.a *.o
	make -f Makefile.g++

	# reax #
	cd $mylammpsdir/lib/reax
	rm -f *.a *.o
	make -f Makefile.gfortran

	# qmmm #
	cd $mylammpsdir/lib/qmmm
	rm -f *.a *.o
	make -f Makefile.gfortran

	# colvars #
	cd $mylammpsdir/lib/colvars
	rm -f *.a *.o
	make -f Makefile.g++

	# voronoi #
	cd $mylammpsdir/lib/voronoi
	rm -rf includelink liblink
	python install.py -d ~/ii/configrepo/voronoi-build -g -b -i ~/ii/voronoi
	rm -rf includelink
	ln -s $dir/voronoi/include/voro++ includelink

	cd $mylammpsdir/src
	make yes-all
	make yes-voronoi
	
	make no-kim
	make no-user-quip
	make no-kokkos

	# gpu ## Make only if NVIDIA CUDA is available on the machine 
	if [ -d "$mylammpsdir/lib/gpu" ];then
		str=$(which nvcc)
		if [ ! "$str" ];then
			make no-gpu
		else
		make yes-gpu
		fi
	fi

	# cuda ## Make only if NVIDIA CUDA is available on the machine 
	if [ -d "$mylammpsdir/lib/cuda" ];then
		str=$(which nvcc)
		if [ ! "$str" ];then
			make no-user-cuda
		else
			make yes-user-cuda
		fi
	fi

	rm -rf lmp_gnu
	make gnu
	ln -s lmp_gnu lmp_ii
	ln -s $mylammpsdir/src/lmp_gnu $dir/bin/lmp_ii
#****************** end installation of fn ****************************************************************************
fi
#########################################################################################################################
## end of E. Install fn
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